Проблема изучения микробиота полости рта в ряде заболеваний органов ротоглотки становится одним из актуальных направлений современной медицины. В статье даны результаты анализа научно-литературных данных по изучению изменений микробиота полости рта при ряде патологических состояний, в частности при остром тонзиллите у детей. Даны научно-литературные данные за последние 9 лет, как отечественных, так и зарубежных учёных из ближнего и дальнего зарубежья. На основании изучения научно-литературных данных было сделано заключение, что изучение микробиота ротоглотки остаётся одним из актуальных направлений в современной детской отоларингологии и педиатрии. Особенна данная проблема стала более актуальна с пандемией COVED-19 во всём мире, когда одним из клинических признаков данной патологии является развитие острого тонзиллита.